湖南省微生物研究院系湖南省农业厅管理的正处级全额拨款事业单位，现有在职职工195人，离退休人员193人。拥有占地3200平方米的科研综合大楼和151亩的科研中试基地，净资产2390万元。
湖南省微生物研究院围绕湖南省两型社会建设，认真履行工作职责、职能。开展农业微生物学基础科学研究和应用研究，承担微生物菌种资源的采集、引进、保藏、共享等职责，与湖南种植业、养殖业等行政业务部门对接，提供技术支撑，开展农业微生物技术普及、示范、推广与农户培训，农业微生物科技成果转化、孵化、引进等公益服务。迄今为止，已获得80余项科研成果，其中获部和省科技进步奖近30项，科技成果的转化推广率达到60%以上，获得了良好的社会效益和经济效益，为全省乃至全国农业发展做出显著贡献。
湖南省微生物研究院创立于1956年3月，当时名称为国营湖南细菌肥料厂; 1964年1月更名为湖南微生物实验工场; 1966年4月更名为长沙市微生物研究所; 1973年7月更名为湖南省微生物研究所，划归省管，隶属湖南省农林局领导，为正处级公益性事业单位;
2013年5月，经湖南省机构编制委员会同意(湘编办函[2013]69号)，更名为湖南省微生物研究院。
