中国科学院遗传与发育生物学研究所(简称：遗传发育所)最早成立于1959年。2001-2003年，由原中国科学院遗传研究所、发育生物学研究所及石家庄农业现代化研究所整合而成。现任所长薛勇彪博士。
目前，共有70个创新研究组。职工531人，其中，中科院院士2人、美国科学院外籍院士1人。国家" ***计划" 3人，中科院" ***计划" 与" 引进国外***人才" 49人，基金委" ***科学基金" 获得者28人和创新团队3个。" 973" 、" 863" 等重大项目首席科学家11人，研究员73 人、荣誉研究员2人。设有遗传学、发育生物学、细胞生物学、植物营养学、生态学和生物信息学专业硕士、博士学位培养点及博士后流动站。现有博士生导师67 人,硕士生导师9人。在读研究生569人，其中，博士生410人。在站博士后113人。
遗传发育所面向我国农业和人口健康的重大战略需求和生命科学前沿，重点开展基因组结构与调控规律、重大疾病分子机理、品种分子设计、农业生态可持续发展、前沿学科交叉领域的研究，揭示水稻、小麦等基因组表达调控规律、阐明细胞分化的分子机制和建立新的品种设计理论与技术体系，为解决遗传与发育生物学领域重大科学和技术问题做贡献。
研究所下设基因组生物学、分子农业生物学、发育生物学、分子系统生物学和农业资源5个研究中心; 拥有植物基因组学(与微生物所合建)、植物细胞与染色体工程、分子发育生物学3个国家重点实验室、 和河北省节水农业2个院省级重点实验室和河北栾城农田生态系统国家野外观测试验站; 是国家植物基因研究中心(北京)的依托单位。
遗传发育所分别在江苏扬州、浙江嘉兴、新疆石河子、天津、青岛等地建立了8个以水稻、小麦、棉花、蔬菜等为重点研发对象的分子育种联合中心; 在黑龙江哈尔滨建立了中科院北方粳稻分子育种联合研究中心; 在天津和呼和浩特建立了大动物(奶牛)育种基地; 在海南陵水、河北赵县建立了作物繁育基地; 与沈阳军区合作建设新民、老莱、盘锦育种基地。
在国际合作方面，研究所与英国利兹大学、澳大利亚阿德莱德大学、新西兰梅西大学、日本奈良先端科学技术大学和日本农业生物资源研究所等多国的研究所、大学，在前沿科学研究、双边学术研讨、建立联合研究中心、互派高级学者和优秀研究生等方面开展深层务实合作; 研究所分别与先正达生物技术公司和杜邦先锋公司开展合作研究; 曾主办过第11届国际植物组织培养与生物技术大会等多个大中小型国际会议。
2006-2011年间，研究所争取科研项目569项，其中重大任务所占比例达88%; 培育了小偃81、科农199、科丰14、科豆1号等一批重要的作物新品种，审定作物新品种43个(国审8个); 授权专利141项; 发表SCI论文1079篇，平均每篇IF 4.1; 获得国家科技类奖项35项(国家奖8项)，李振声院士获得2006年度国家最高科技奖。
近年来，研究所在基因组和功能基因组、动植物分子发育以及农作物新品种培育等领域取得了具有重要影响的研究成果，水稻基因组" 工作框架图" 、 1%人类基因组测序、水稻第4染色体精确测序、禾本科植物株型发育分子机理、水稻理想株型形成的分子调控机制等研究工作分别入选世界、中国十大科技突破或进展。
遗传发育所是中国遗传学会的挂靠单位，负责编辑出版《Journal of Genetics and Genomics》、《遗传》和《中国生态农业学报》。
