中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所(以下简称“计算生物学伙伴所”)成立于2005年10月，是中国科学院与德国马普学会合作共建、联合资助、共同管理的一个国际化研究机构;是马普学会在德国境外建立的首家合作研究机构，也是目前我国一个独具特色的崭新研究所类型。计算生物学伙伴所既非马普模式在中国的简单复制，也非国内研究所运作方式的机械传承，而是以全新的思维、宽阔的视野组织科研创新活动的探索与尝试，是中德双方在国际科技领域共同开垦的一片“试验田”。
计算生物学伙伴所致力于理论与实验相结合的计算生物学研究，实现以计算的方法解决生命科学的问题,以简洁优美的数学语言解读生命奥秘;以建立国际一流研究所为目标，通过聚集与培养高端人才团队，整合计算生物学资源，深化国内外交叉合作，凝练重大科学问题，在计算生物学研究前沿取得重大科学突破。
计算生物学伙伴所成立至今，已形成了以“中科院计算生物学重点实验室”、“国际科技合作基地”和“国家引进国外智力示范单位”为支撑的研究集群，聚焦于密集型生物数据的全新计算工具及算法的开发，同时借助多层次、高通量的生物数据研究分析复杂生物学问题，例如人类的衰老、进化以及疾病。形成了“大数据水平的基因表达调控的整合性规律”、“复杂性状形成和调控的大数据基础”、“人口健康的群体遗传学基础”三大研究方向，取得了一批科研成果。“十三五”期间，将重点推动建设国家生物医学大数据(中心)基础设施，以此提升生物与医学大数据存储、管理和挖掘能力，为生物大数据领域的发展做好人才和技术储备，服务于国家科技和经济社会发展的重大战略需求。
计算生物学伙伴所现已拥有一支高素质的国际人才队伍，云集一批从事计算生物学领域各方面研究的科研人才。目前共有独立研究员19名，外籍占比30%，包括***3名、外专***1名、上海市***2名、青年***1名、青年拔尖人才1名、***计划5名、马普青年科学家小组组长2名。全所共有职工95名，在学研究生和博士后近130名。
计算生物学伙伴所利用“国际化所”这一优势，积极开展国际合作，建所以来，已与德国、美国、俄罗斯、英国、澳大利亚等30个国家250个机构建立了合作关系，超过50%论文为合作发表;受中科院、国家自然科学基金委专项资助来研究所做中长期访问研究的外国学者已达26人次。
十年砥砺奋进，十年春华秋实!在中科院、德国马普学会、上海市政府和国家有关部门的关心支持下，计算生物学伙伴所上下同心、锐意进取、不断创新，在学科布局、队伍建设、科学研究、国内外合作、重点实验室建设、平台支撑等多个方面都取得了长足进步。在2007年、2009年、2012年和2014年四次国际学术评估中，计算生物学伙伴所均获得了国际评估委员会的高度评价，已经成为我国计算生物学研究的重要基地，计算生物学伙伴所正昂首阔步向世界一流迈进!
