中国微生物学会(Chinese Society for Microbiology，简称CSM)是由全国微生物学科技工作者和单位自愿组成、中华人民共和国民政部依法登记的全国性、学术性、公益性法人社会团体，是非营利性的社会组织，是发展我国微生物学科事业的社会力量。中国微生物学会成立于1952年12月18日。早在1928年，由我国现代医学的先驱伍连德、谢和平和林宗扬等发起，即在北京成立过中国微生物学会。1937年改称中国病理学微生物学会(The Chinese Society of Pathology and Microbiology)，移会址于上海，有会员50多人，并举行过学术讨论会。1945年在广州开过大会，到会者百余人。1949年新中国成立后，于1950年在中华医学会首都大会上成立过中华微生物学会。这是中国微生物学会于1952年正式成立前的孕育阶段。
1952年正式成立中国微生物学会，在北京召开第一次全国代表大会，理事长为著名微生物学家汤飞凡教授，成立之初全国有19个省级分会，会员189名。现在学会成立六十年来，不断发展壮大，全国各省、市自治区都建立了微生物学的学术组织，目前已有会员近1.6万人，成立了21个专业委员会和5个工作委员会。这是我国社会主义建设和科学事业迅猛发展，国力增强的缩影。
中国微生物学会1958年前是中华全国自然科学专门学会联合会(中国科协前身)的团体会员，1958年全国科联和全国科普合并，改组为中国科协，中国微生物学会即转为中国科协的团体会员，在中国科协的领导下开展工作，挂靠在中国科学院微生物研究所。六十年来，学会在中国科学技术协会和挂靠单位中国科学院微生物研究所的领导下，依靠会员，做了大量的工作，取得了很大的社会效益和一定的经济效益。出版高质量的学术性刊物，是几代学会会员始终坚持的工作，从学会成立之初只主办《微生物学报》一种刊物，现在主办的刊物则已达7种之多。
我国是国际微生物学会联合会(International Union of Microbiology Society，简称IUMS)的发起国之一，1947年汤飞凡教授曾代表中国微生物学界参加过国际细菌学会联合会 [IUBS，后改名为国际微生物学会联合会(IUMS)]在丹麦哥本哈根的会议，并当选为执行委员。1980年经上级批准，中国微生物学会正式加入了该组织，1999年9月在澳大利亚悉尼召开的IUMS会议上，中国微生物学会曾毅院士当选为执行委员，2000年并参加在法国举办的IUMS执委会议，带去了介绍中国微生物学会的资料，为巩固中国微生物学会在国际组织中的地位打下了基础，之后与IUMS的交流更加密切。2002年，国际微生物学会联合会(IUMS)副主席Luciano Polonelli教授及夫人等一行7人，应中国微生物学会的邀请访问了北京、上海两地。2006年6月，IUMS主席Karl Heinz Schleifer教授接受中国微生物学会邀请，访问了北京、上海。2008年，国际微生物学会联合会主席Daniel Sordelli教授和IUMS候任主席Geoffrey L.Smith教授参加中国科学院微生物研究所50周年所庆活动后，于12月5日访问了中国微生物学会。
学术交流、国际交往、会员工作等一直是学会工作的重点。每年的学术年会是中国微生物学会第八届理事会倡导坚持下来并打造成为精品项目，是每年中国微生物学界专家学者的盛会。中国微生物学会学术活动形式多样，内容丰富，活跃了微生物学科领域的学术气氛。近几年来，中国微生物学会除定期召开中国-日本双边国际学术会议外，同时还加强与欧美微生物学界的联系和交往。2007年8月美国微生物学会首次派代表团出席了在新疆乌鲁木齐召开的2007年中国微生物学会学术年会。基于中国微生物学会在学术活动方面和会员管理方面的工作成绩，于2003年和2005年分别被中国科协评为"第四届中国科协国内学术交流先进学会" 和"第五届中国科协国内学术交流先进学会" ; 2007年被评为中国科协" 学术交流先进奖" 和" 会员工作先进奖" 学会。
中国微生物学会无论从学术水平上，还是从组织规模上看，都远非昔日可比。今后，中国微生物学会将满怀信心，团结、奋斗、奉献，为祖国的繁荣富强作出更大的贡献。
中国微生物学会历届理事长为汤飞凡教授、余贺教授、朱既明院士、焦瑞身教授、李季伦院士、闻玉梅院士、杨胜利院士、赵国屏院士、邓子新院士。
