江苏省微生物学会的前身为中国微生物学会江苏分会，成立于1954年4月，理事长为吴徵监先生。1962年9月在南京医学院成立江苏省微生物学会，选举产生第一届理事会，赵慰先先生任理事长。文革后于1979年恢复活动，1981—1989年由樊庆笙先生任第二、三届理事长。1989年11月由陈知本先生任第四届理事长，1994—2004年由武建国研究员任第五、六届理事长，2004年9月由唐家琪研究员任第七届理事长。2009年9月至今的第八届理事会，理事长为唐家琪研究员，副理事长为黄宇烽、陆承平、李顺鹏、李华钟、袁生教授，袁生教授兼任秘书长。
江苏省微生物学会目前挂靠在南京师范大学生命科学学院。学会设10个专业委员会：医学微生物专业委员会、兽医微生物专业委员会、工业微生物专业委员会、农业微生物专业委员会、食品微生物专业委员会、环境微生物专业委员会、微生物检验与检疫专业委员会、病毒专业委员会、自然疫原微生物专业委员会、基础微生物专业委员会。另设有学术工作委员会、组织工作委员会、科普宣传工作委员会和教学工作委员会。历经近60年几代人的奋斗，江苏微生物学会规模取得了长足发展，会员由最初的53人发展到现在的679人，团体会员单位由零发展到现今的30个，成为中国微生物学会所属省级学会中规模最大的成员之一，多次被江苏省科协评为省级先进学会。
