真菌学国家重点实验室的发展史可追溯于1953年1月成立的以戴芳澜院士为主任的真菌植病研究室。在此基础上，1956年12月成立中国科学院应用真菌学研究所，并成为于1958年12月成立的中国科学院微生物研究所的建所基础，原“应用真菌研究所”成为微生物所的“真菌研究室”(简称“一室”)，邓叔群院士任主任，王云章研究员任副主任。1985年8月，作为中国科学院首批开放实验室之一，“真菌地衣系统学开放研究实验室”在“一室”的基础上成立，魏江春院士任主任，庄文颖院士于1988年回国后任副主任。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设“真菌学国家重点实验室”。2013年10月，实验室顺利通过建设期验收。
实验室定位以国家战略需求和学科前沿发展为导向，系统认知和评价我国真菌多样性及资源应用潜力，综合系统学、发育生物学、生态学、化学、组学、生物信息、基因编辑与遗传改造等技术和手段，开展真菌起源与演化、生态功能与遗传机制、活性产物评价与应用开发等前沿基础及应用基础研究，培养本领域的***人才，促进真菌学和相关学科进步及生物产业发展。在此定位的基础上，实验室凝练和调整为以下四个研究方向：
领域1-真菌系统进化及生态学;
领域2-真菌遗传与发育;
领域3-真菌活性产产物与健康。
领域4-真菌生物技术与应用;
为了支撑真菌学基础和应用研究，实验室已建立以下五个创新性研究平台：
1 真菌资源研究平台(一馆四库)
2 真菌分类鉴定和分子生态研究平台
3 真菌遗传操作和蛋白表达平台
4 真菌次级代谢产物研究平台
5 真菌生物信息学分析平台
6 应用真菌平台。
实验室由管理体系、科研体系和支撑体系三部分组成。现有研究组17个，固定人员87人，包括中国科学院院士3人、研究员14人(不含院士);其中***3人，“青年***”1人，中科院“***计划”7人。在站博士后11人，在读研究生108人。
现任室主任为蔡磊研究员，副主任为郭良栋研究员、黄广华研究员、刘宏伟研究员。姚一建为中国菌物标本馆馆长。
实验室管理实行PI会议进行宏观决策，定期听取整改工作小组汇报工作、提出发展改革建议，进行学术研讨。整改工作小组具体决策，室主任或室主任会议执行的管理体制。办公室设行政秘书和学术秘书各一名。
