中国农业微生物菌种保藏管理中心(Agricultural Culture Collection of China 英文缩写ACCC)，成立于1979年，设在中国农业科学院农业资源与农业区划研究所(1979-2003挂靠中国农业科学院土壤肥料研究所管理，2003年以后挂靠中国农业科学院农业资源与农业区划研究所管理)。中国农业微生物菌种保藏管理中心是中国国家级农业微生物菌种保藏管理专门机构，负责全国农业微生物菌种资源的收集、鉴定、评价、保藏、供应及国际交流任务。中国农业微生物菌种保藏管理中心的研究方向涉及三个层面：1、农业微生物资源的收集、整理、鉴定与保藏;2、农业微生物资源功能、挖掘与评价;3、农业微生物资源可持续及高效利用技术研究。农业微生物菌种中心前身是1969年在中国农业科学院土壤肥料研究所成立的菌种保藏组。
中国农业微生物菌种保藏管理中心自成立以来，承担农业部“农业微生物菌种收集与鉴定”、“绿僵菌的收集与鉴定”、“豆科牧草牧草根瘤菌选育与应用”等项目课题4个;承担农业部“948”项目微生物“模式菌”1项;承担农业公益性行业专项“秸秆快速降解及高效低成本有机肥生产技术集成”1项;承担科技部科技基础性工作项目4项(1999-2003);承担科技部平台建设项目“微生物菌种资源”等5项;承担“863”项目“新型多功能生物肥料研制与产业化”1项;承担院所基本科研业务费项目8项;中国农业科学院院长基金项目5项;国家自然科学基金 “水稻内生根瘤菌的系统分类及其功能特性研究” 等项目2项。
中国农业微生物菌种保藏管理中心自成立以来，累计获得农业部和中国农业科学院奖励8项，其中获得农业部奖励4项，分别是中国农业菌种目录编写出版”1984年获农业部技术改进二等奖，“快生型大豆根瘤菌的生理生化及田间应用效果”1989年获农业部科技进步三等奖，“豆科牧草根瘤菌选育及应用”1985年获农业部科技进步三等奖;“农业微生物资源的收集、鉴定、整理与保藏”2007年获中华农学会神农科技奖三等奖1项;获中国农业科学院科技进步奖3项，分别是“农业微生物资源的收集、鉴定、整理与保藏”获中国农科院科技进步一等奖，“链霉菌数据库”1988年获中国农科院科技进步二等奖，“沙打旺、三叶草、苜蓿根瘤菌大面积推广应用” 1993年获中国农科院科技进步二等奖。
中国农业微生物菌种保藏管理中心自成立至今，获得专利1项，一株苜蓿根瘤菌及其发酵培养方法与应用(ZL200510102912.0)，完成申报专利6项，国内外期刊累计发表论文70篇，出版《中国农业菌种目录》、《模式菌目录》、出版《微生物菌种资源描述规范汇编》，《微生物菌种资源收集整理保藏技术规程汇编》等书籍9本。
中国农业微生物菌种保藏管理中心，采用超低温冻结法、冷冻干燥法、矿物油保藏法和斜面转接法等保藏微生物菌株，中心设有液氮库、超低温冰箱库、4-10℃冷冻干燥菌种保藏库、4-10℃低温保藏库以及10-15℃低温矿油保藏库，目前库藏资源共计603属，2199种，11970株菌种，约30万份。中国农业微生物菌种保藏管理中心设有细菌和放线菌、根瘤菌、食用菌、植物病原菌、厌氧微生物、小型丝状真菌及酵母菌资源实验室，公共部分建有冷冻干燥室、数据管理室、菌种信息档案室、分类鉴定实验室、分子生物学实验室、培养室等。实验仪器设备有Forma程控降温仪、Biolog鉴定系统、细菌脂肪酸鉴定系统、Olympus IX 51系统显微镜、OlmpusIX71型倒置显微镜、凝胶图象处理系统、PCR仪、Heraeus高速台式冷冻机、CBS液氮存贮罐、SanYo制冰机、15L和50L发酵罐、厌氧培养系统、DGGE、蛋白质双向电泳系统、冷冻干燥机等297台件，价值约637万元。
中国农业微生物菌种保藏管理中心开展的主要工作包括资源保藏、菌种鉴定及菌种资源生物学评价等。中心有固定人员18人，研究员3名，副研究员6名，其中具有博士学位7人、硕士学位7人，享受国务院专家津贴1人。团队建设围绕农业微生物菌种资源挖掘与利用展开研究，主要包括对肥料、饲料、生物防治、污染降解等功能微生物菌株挖掘评价，如降解特性、产酶特性、促生作用、生理特性等特性研究;针对极端环境微生物资源，开展抗逆、降解等重要功能基因的分离、功能鉴定与评价，研究各类别基因资源的高效利用技术;研究微生物肥料、饲料、生物防治、环境降解等微生物资源农业生产应用的新类型、新品种、新基因、新代谢物等，提高可利用潜力。
